1941 के जून महीने में सोवियत संघ ने एस्टोनिया से दस हजार से अधिक लोगों को साइबेरिया निर्वासित कर दिया था, जो देश के इतिहास का एक काला अध्याय था। इन निर्वासितों में 7,000 से अधिक महिलाएं, बच्चे और बुजुर्ग शामिल थे। यह घटना एस्टोनिया में राष्ट्रीय शोक दिवस के रूप में मनाई जाती है। 1940 में, सोवियत संघ ने मोलोटोव-रिबेंट्रोप समझौते के परिणामस्वरूप एस्टोनिया, लातविया और लिथुआनिया पर कब्ज़ा कर लिया था। द्वितीय विश्व युद्ध के कारण एस्टोनिया की लगभग 17.5% आबादी का नुकसान हुआ। सोवियत कब्ज़े के दौरान, एस्टोनिया में रहने वाले सभी राष्ट्रीयताओं के लोगों को सामूहिक निर्वासनों का सामना करना पड़ा, जो इतिहास के सबसे भयानक घटनाओं में से एक थी। यह घटना एस्टोनिया के लोगों की स्मृति में एक दर्दनाक याद बनी हुई है।