Le chef rebelle Biafrais, Chukwuemeka Ojukwu, a refusé de reconnaître Yakubu Gowon comme chef d'État après le coup d'État de 1966. Selon des témoignages, Ojukwu estimait que, suite à l'assassinat d'Aguiyi-Ironsi, c'était le brigadier Babafemi Ogundipe qui aurait dû succéder à la tête de l'État, en tant que numéro deux dans la hiérarchie militaire. Ce refus de reconnaissance a constitué un facteur clé dans la montée des tensions qui ont mené à la guerre civile nigériane, également connue sous le nom de guerre du Biafra. La contestation d'Ojukwu portait sur la légitimité de la prise de pouvoir de Gowon et sur le respect de l'ordre de succession militaire. Cette divergence a exacerbé les divisions ethniques et régionales préexistantes au Nigeria. L'affaire reste un point sensible de l'histoire nigériane, illustrant les complexités de la transition politique et les conséquences du coup d'État. Les détails de cette contestation ont été récemment mis en lumière par des sources proches de l'époque.