L'Alliance apologétique chrétienne s'oppose fermement aux demandes visant à modifier l'identité religieuse des écoles missionnaires chrétiennes pour accommoder les pratiques religieuses des élèves musulmans. L'Alliance affirme que ces établissements ont le droit de préserver leur éthos, leurs traditions et leur culte chrétiens fondateurs. Elle soutient que la liberté religieuse doit être respectée, mais ne doit pas se faire au détriment de l'identité propre des institutions religieuses. L’organisation insiste sur l’importance de maintenir le caractère chrétien distinctif de ces écoles. Cette position réaffirme le droit des écoles confessionnelles à définir et à vivre selon leurs convictions religieuses. Tout changement imposerait une restriction inacceptable à cette liberté fondamentale, selon l'Alliance. La question de l'équilibre entre l'inclusion et le maintien de l’identité religieuse est au cœur du débat.